项目简介

真菌作为自然界中的第二大生物类群，具有丰富的物种与遗传多样性，在生态系统的多样性维持、群落构建以及物质与能量循环过程中发挥重要的功能。本项目以真菌为研究对象，依次从其宏观生态特征、微观形态特征、核苷酸条形码以及基因组角度认知微生物，完成一个微生物新物种的描述。通过生成可靠的图片和数据集，重建研究对象及其近缘类群的系统演化关系，并运用在海关检验检疫的实际工作中；利用多种软件和算法解密病原菌主要致病基因/次*代谢产物调控基因在本类群中的进化关系。

主要方向如下：

  1. 科学描述一个微生物新物种的宏观微观特征

  2. 生命树（系统进化树）的构建

  3. 新物种基因组初步分析

此实习项目适合申请专业方向为微生物、植物保护、森林保护、生物技术等相关专业的学生。

学生将与中科院相关领域*一同探讨微生物的宏观微观形态特征、系统演化和基因组分析，以及Linux系统、R语言数据分析等的相关研究和应用，且学生可通过该项目了解目前组学与生物信息学在微生物领域的应用现状和前景。实习结束后，导师会根据学生表现，出具推荐信。对于相当*的学生，会有进一步合作研究的机会。

项目内容

1. 科学描述一个微生物新物种：对具有典型特征的样品在体视镜下进行观察，分离获得单孢纯菌株，继而采用微分干涉显微镜和电镜进行微观形态特征的观察，获取高质量的显微图片，完成一个微生物新物种的形态描述。

2. 生命树（系统进化树）的构建：如何准确鉴定病原微生物，服务于农、林和海关检验检疫部门的检测、防治和拦截是目前行业面临的重要关键问题之一。本项目主要通过提取微生物的基因组，获取DNA条形码序列，重建系统进化树，明确*微生物的分类地位。

3. 基因组大数据分析：完成一个新物种的基因组测序及初步的生物信息学分析；或完成一份环境样品的宏基因组测序及生物信息学分析（包括Linux系统、R语言与统计分析等）。

项目特色

（1）本项目涉及的知识面较广，如分离培养、形态观察、分子实验操作、系统演化分析、Linux系统操作、组学分析等，因此对学生将是全方位的锻炼。

（2）本项目涉及到比较基因组学理论和软件分析，能帮助学生在理论和实践方面做深度拓展与积累。

（3）本项目与实际需求紧密结合，能够有效培养和提高学生运用所学知识解决实际问题的能力。

师资背景

导师现任职中国科学院研究员，基金委“国家杰出青年基金”、“国家*青年”和中科院“百人计划”获得者；国际菌物学会“青年菌物学家奖”和中国菌物学会“戴芳澜*青年奖”获奖人。担任国际真菌分类委员会委员、亚洲菌物学会秘书长。担任真菌学领域6个国际刊物的编委。至今已发表通讯作者的SCI论文82篇，被引用6900多次，h-指数38。 

招生对象和要求

大二以上*本科生，微生物、植物保护、森林保护、生物技术等相关专业，要求具备扎实的微生物或计算机编程基础。为了更好的完成科研项目，项目组会以笔试或面试的形式对学生进行筛选。

时间安排

共四周

*周

内容：1）当面交流，确定题目。

          2）通过查阅文献和相关书籍，学习所选题目的大概框架及基本知识。

          3）出具学习报告与导师讨论具体细节，补充学习上的不足，以及下周具体学习。

指导：PPT汇报，学生能够讲述所选题目的大概框架及基本知识。

实验：微生物的单孢分离、培养和保存。

第二周

内容：1）通过相关文献学习所选项目的重要理论知识及计算机操作。

          2）在导师指导下尝试进行系统演化分析。

          3）形成学习笔记以及问题纪要。

指导：PPT汇报，讲述学习笔记以及问题纪要。导师当面讲解。

实验：1）运用微分干涉显微镜观察微生物的微观形态，记录要点特征。

          2）分子实验操作：提取基因组DNA，PCR扩增，测序等。

第三周

内容：1）在导师指导下学习Linux系统和R语言的基本操作。

          2）将*、二周完成的显微特征观察和系统发育树应用于农、林和海关部门的检测

          3）形成学习笔记以及问题纪要。

指导：PPT汇报，讲述学习笔记以及问题纪要。导师当面讲解。

实验：分子实验操作：提取高质量的基因组，进行高通量测序

第四周

内容：在导师指导下进行高通量数据的实战分析。

指导：面对面指导学生进行数据分析。

实验：学生能运用Linux系统和服务器平台进行大数据运算。

备注：实际安排顺序可根据实际情况做机动调整

项目收获

硬性收获：个性化推荐信+实习证明+导师网推

软性收获：丰富科研履历，提升科研能力，产出科研成果，为自己的文书增添亮点。

项目亮点：项目组式科研，真正进入研究所实操，避免单纯理论知识灌输。